Постоянная экспозиция
Первые предметы церковного искусства были подарены Художественному музею Эстонии в 1920-х годах, но львиная доля произведений передана в музей после Второй мировой войны. Музей Нигулисте, открытый в 1984 году, действует в церкви Нигулисте, восстановленной после разрушений военного времени.
Запрестольные образы
Центром собрания музея Нигулисте являются запрестольные образы и деревянные скульптуры позднего Средневековья. Гордостью коллекции является доставленный в Таллинн в 1481 году запрестольный образ с двумя парами створок для главного алтаря церкви Нигулисте, изготовленный в Любеке, в мастерской Хермена Роде. Он является одним из наиболее хорошо сохранившихся и крупнейших северогерманских створчатых алтарей позднего Средневековья во всем мире.
Собрание также включает в себя три алтаря из Нидерландов: алтарь Страстей Христовых, изготовленный в мастерской мастера из Брюгге Адриана Изенбрандта (с последующими, написанными поверх картинами Михеля Зиттова), запрестольный образ алтаря Девы Марии таллиннского братства Черноголовых, приписываемый мастеру легенды Святой Лючии, а также брюссельский створчатый алтарь Святой Родни. К ним добавляются также створчатые алтари и скульптуры святых из различных церквей Эстонии.
Пляска смерти
Самым известным экспонатом музея является картина «Пляска смерти», изготовленная в мастерской Бернта Нотке в конце 15-го века, от которой до настоящего времени сохранился лишь начальный фрагмент полотна длиной 7,5 метров.
Серебряная сокровищница
В Серебряной сокровищнице выставлено все то лучшее, что есть в собрании серебра Художественного музея Эстонии. Экспозиция, расположенная в бывшей сакристии, состоит из трех частей: церковное серебро, серебро братства Черноголовых и серебро гильдий и цехов.
В собрание музея Нигулисте входят также эпитафии и гербы-эпитафии, относящиеся к раннему Новому времени, в основном с 16 по 17 век. Отдельные коллекции представляют настенные светильники и паникадила 16‒18 века. Самым старым и редким из них считается латунный напольный подсвечник высотой около четырех метров. Этот семирожковый подсвечник был изготовлен в литейной мастерской Любека и дарован церкви Нигулисте в 1519 году. В музее Нигулисте также выставлено более 100 надгробных плит и их фрагментов. Большая часть надгробных плит 14‒17 веков является наследием церкви Нигулисте.
