Музей Миккеля является домом для богатейшей коллекции Йоханнеса Миккеля (1907–2006), одного из виднейших эстонских коллекционеров искусства, коллекции, содержащей произведения западноевропейского, русского, китайского и эстонского искусства XVI–XX веков.

Выставка «Конфликты и адаптации» представляет собой обзор эстонского искусства середины и второй половины ХХ века.

В постоянной экспозиции музея экспонируется живопись 16-20 веков (нидерландских, немецких и русских мастеров) и западноевропейское и русское прикладное искусство и скульптура 18-20 веков.

На втором этаже средневековой церковной башни можно увидеть постоянную экспозицию, посвященную историческим церковным колоколам.