Mikkeli muuseum on pälvinud mainekaid auhindu kunstikoguja Johannes Mikkeli kollektsiooni uurimise ja erakogusid populariseerivate näituste eest.
Eesti Muuseumide Aastaauhinnad 2017
Konserveerimistöö 2017
Auhinna pälvis Eesti Kunstimuuseumi konserveerimisprojekt „Tõenäoliselt 1760ndate lõpust pärineva ovaalse pärgamendil pastellmaali „Tütarlaps koeraga“ ja teose raami konserveerimine“. Projekti teostajad olid konservaatorid Merily Paomets ja Sirje Säär. Projektis osalesid ka Greta Koppel, Alar Nurkse, Allan Talu, Margit Pajupuu, Stanislav Stepaško. Projekti eesmärk oli konserveerida Mikkeli muuseumi 20. aastapäeva tähistaval näitusel „Kollektsionääril külas“ eksponeerimiseks ovaalne pärgamendil pastellmaal koos raamiga. Johannes Mikkelit (1907–2006) kui kollektsionääri tutvustaval näitusel oli vanahärrast loodud dokumentaalfilmi alusel kujundatud üks tuba tema korterist, kus oli eksponeeritud tema kollektsiooni graafikat, maale ja mööblit.
Eesti Muuseumide Aastaauhind on iga-aastane tunnustusauhind, mida annab Muuseuminõukogu koostöös Kultuuriministeeriumiga.
Eesti Muuseumide Aastaauhinnad 2011
Aasta konservaator 2011
Tiitli pälvis Eesti Kunstimuuseumi konservaator Hilkka Hiiop. Tunnustuse tõi näitus „Simson ja Deliila. Itaalia maali lugu” (13.11.2010–30.04.2011 Mikkeli muuseumis), ja multimeediaprojekt „Bosch & Bruegel. Ühe maali neli jälge”(samanimeline näitus 22.10.2011–04.03.2012 Kadrioru kunstimuuseumis).
Eesti Muuseumide Aastaauhind on iga-aastane tunnustusauhind, mida annab välja Muuseuminõukogu koostöös Kultuuriministeeriumiga.
Eesti Muuseumide Aastaauhinnad 2009
Väike muuseumirott 2009
Auhinna pälvis Mikkeli muuseumi, Ajaloomuuseumi ja Pekka Erelti erakogul põhinev ühisnäitus „Kadunud aegade aarded. Egiptuse, Kreeka, Vana-Ida ja Kolumbuse-eelsete Ameerika kultuuride muistised Eesti muuseumides ja erakogudes“ (07.02.2009–31.01.2010 Mikkeli muuseumis). Näitus sai preemia muuseumide ja erakogu omaniku uudse koostöö ning haridusprogrammi ettevalmistamise eest. Koolide õppekaval põhinev programm valmis koostöös ajalooõpetajaga.
Eesti Muuseumide Aastaauhind on iga-aastane tunnustusauhind, mida annab välja Muuseuminõukogu koostöös Kultuuriministeeriumiga.